蓄滞洪区工程可实行以部门为主的部门化、专业化管理。在整合现有管理资源的基础上，蓄滞洪区所在地方水行政管理部门要结合当地水行政管理体制改革，成立专门的蓄滞洪区管理机构，主要负责蓄滞洪区防洪管理和履行监督指导职能以及防洪工程与安全设施的维护管理。在蓄滞洪区启用时，根据当地政府或防汛指挥部门的指挥决策，实施分蓄洪工作。平常负责蓄滞洪区防洪工程以及安全建设设施的日常维护。专业管理机构可根据所属的行政区划建立管理局—管理分局—管理所的多级管理体制。各地区要根据各个蓄滞洪区的重要程度、管理工作量的大小等因素确定蓄滞洪区专业管理机构的具体职能。对于重要、运用概率较高的蓄滞洪区，蓄滞洪设施和防汛管理任务较重，应建立蓄滞洪区专业管理机构。专业管理机构可在单个面积较大、人口较多的重要蓄滞洪区设立，也可在蓄滞洪区比较多的地区集中设置。

    管理机构人员编制应以精简高效为原则，尽量控制非生产人员数量，可参照《水利工程管理单位定岗标准》确定。